L'histoire de « Chrischona Suisse » débute en 1869, mais le ministère qui prendra le nom de Chrischona est plus ancien. En 1840, Christian Friedrich Spittler fonde une école de formation théologique pour jeunes hommes qui, aujourd’hui, est la Faculté théologique de St. Chrischona, appelée « Theologisches Seminar St. Chrischona» (tsc). De là, des hommes sont envoyés dans le monde entier. Des hommes, car à cette époque, une formation théologique pour les femmes est inimaginable. Deux de ces hommes, appelés communément « Chrischona Brüder » ou « frères de Chrischona » vont en Thurgovie et dans les Grisons pour y colporter l’Evangile. La toute première chapelle Chrischona est construite à Mattwil en Thurgovie sous la direction du prédicateur Markus Hauser. Elle est consacrée le 10 août 1873. Un an plus tard, une deuxième chapelle est construite à Schocherswil. Par la suite, il y aura plus de 100 congrégations en Suisse. Aujourd'hui, il y en a un peu plus de 90.

Jusqu'en 1997, « Chrischona Suisse » fait partie de l’entité appelée « Pilgermission St. Chrischona », littéralement « la mission des pèlerins de Sainte Chrischona ». Cette entité regroupe alors, en plus des églises en Suisse, la faculté de théologie, des églises en Allemagne et en France, des maisons d’éditions et encore d’autres organisations. En 1997, les églises de Suisse se constituent en association « Chrischona Suisse ». Fin 2018, il est décidé que toutes les branches de la grande œuvre « Pilgermission St. Chrischona » seraient indépendantes. Ainsi la « Pilgermission St. Chrischona » est dissoute. Aujourd'hui, c’est dans le « réseau tsc » que l’association « Chrischona Suisse » maintient des liens étroits avec ses compagnons de route d’autrefois.

Revenons à l'histoire de Chrischona en Suisse. Après les deux premières implantations d'églises en Thurgovie, l'œuvre s'étend à la Suisse alémanique, romande et au Tessin. Ces lieux de culte sont appelés « Stadtmission », qui se traduit par « poste de mission en ville ». En 1940, 61 pasteurs sont en activité. Dans l’association « Chrischona Suisse », environ 150 hommes et femmes sont actuellement en activité, à temps plein ou à temps partiel.

A leurs débuts, les assemblées Chrischona se considèrent comme faisant partie de l'Église réformée. Cependant, depuis les années 1930, la structure des assemblées change et ces groupes ressemblent de plus en plus à des églises libres qui deviennent une association nationale d'églises libres. Aujourd'hui, environ 13'000 personnes se rassemblent chaque dimanche dans les lieux de culte des plus de 90 églises Chrischona. Au niveau local et national, nous travaillons avec différentes confessions. De nombreuses églises de l’assocaition « Chrischona Suisse » sont membres de l'Alliance Evangélique Suisse (AES) ou du Réseau Evangélique Suisse.